הגמרות הראשונות נדפסו במאה ה-15 בספרד, אולם היו אלה הדפסות של מסכתות בודדות. ההדפסה הראשונה של כל הש״ס נעשתה בוונציה בתחילת המאה ה-16. בהדפסה זו נקבעו חלוקת הדפים במסכתות. בסוף המאה ה-19 הודפסה מהדורת ש״ס וילנא (על בסיס דפוס וונציה) בהוצאת האלמנה והאחים ראם, שהיא המהדורה המקובלת ביותר עד היום (כמעט כל הגמרות כיום הן במהדורת ש״ס וילנא).
בתקופות שונות היו מגבלות צנזורה על הדפסת הגמרא. דוגמאות נפוצות לשינויים שנעשו תחת הצנזורה היא החלפת המילה ״גוי״ ב״עכו״ם״ (עובד כוכבים) או ״כותי״, או למשל החלפת המילה ״מין״ (כופר) במילה ״אפיקורוס״ או ״צדוקי״.
לאורך השנים הודפסו כמעט רק מהדורות ש״ס וילנא, עד שבשנת 1967 יצא הכרך הראשון של תלמוד שטיינזלץ, אשר איננו משמר את צורת הדף הקלאסית. מהדורה זו הביאה חידוש לעולם הלימוד בכך שהכילה חלוקה לפסקאות, פיסוק, ניקוד, תרגום ופירושים.